顺治二年、南明弘光元年（1645年）八月到九月，清军先后占领苏州和南直隶常熟之后的纵兵焚烧杀掠。在常熟大屠杀中被屠杀的百姓无法计算，沿河沿岸都是人头。
四川大屠杀
从顺治三年（1646年）至康熙初期，满清开始侵入四川，在四川各地进行大屠杀。顺治四年（1647年）多尔衮、孝庄采取了彻底屠杀的办法作为报复，公开发布告示，宣称：民贼相混，玉石难分，或屠全城，或屠男而留女。把四川人杀光了以后，就把这些行为全部推给了张献忠，还编造出张献忠杀人六亿的谎言。根据历史学者的研究，四川被害者不下五百万人，而被张献忠杀害的至多只有十四万人，连同张献忠统制地区其它非正常死亡，最多只有三十到四十万人。更重要的是，在清军开始长达十几年的四川大屠杀前，张献忠已经死了。“蜀人受祸惨甚，死伤殆尽，千百不存一二”。直到顺治十六年（1659年），清军攻陷渝城（重庆）后，才算平复四川。清初时以”湖广填四川“来解决四川人口的缺口。
此外，明末清初四川人口的锐减，是多股势力混战的最终恶果，并不能够将所有责任推给张献忠。至于张献忠屠杀六万万人有奇一说，有文献显示事实上是四川当地的地主以及南明将领污蔑和嫁祸张献忠。
金华之屠
顺治三年、南明隆武二年（1646年）七月十六日，满清“贝勒”博洛在浙江金华府进行的一次大规模屠城。大约有五万人被屠杀。
明朝末年，时任兵部尚书的金华长山人朱大典毅然带兵回金华据城抗清。公元1646年农历六月廿四，清贝勒博洛率军攻婺，久攻未下，后叛徒导攻西门城墙（现新华街），新筑城墙被大炮轰塌，清军潮水般涌入，金华守军奋力拼搏，浴血巷战。
朱大典妻妾儿媳为不受辱，纷纷手牵孙儿投井自尽，朱大典与部属点燃火药库壮烈殉国，大典家20余口共赴国难。明军指挥部炸毁后，剩余守军仍坚贞不屈，节节抵抗，退集到最后的阵地———东市街。清军破西门后一路往东杀，南北城楼先后沦陷。东市街之东是高山头悬崖和义乌江。365年前的东市街上刀光剑影，血肉横飞，金华先民在这里谱写了悲壮的史诗，守军拒不投降，全部英勇战死。城陷后清军屠城，南明演义说城中被杀者十之八九。李渔悲诗泣之：“婺城攻陷西南角，三日人头如雨落”；明史也记载了大典阖家殉难的壮烈。明军参将俞继音祖上为南宋监察御史、户部侍郎，继音战死后，其宗谱载：“继音，明末参将，同守婺城，见危致命，忠烈可表……顺治丙戌七月十六日卒”，这日正是金华城破明军全体阵亡之时，宗谱和金华县志记载完全相符。
泾县之屠
顺治三年、南明隆武二年（1646年）八月十七日，满清“提督”张天禄、“池州总兵”于永绶在南直隶泾县、徽州、绩溪县等地进行的一次大规模屠城。大约有五万人被屠杀。
赣州之屠
顺治三年、南明隆武二年（1646年）十月初四日，满清“江西提督”金声桓、“总兵”柯永盛在江西赣州府进行的一次大规模屠城。大约有二十万人被屠杀。
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