东汉时期，军队的编制主要分为：部、曲、屯。部的主官为校尉，规模小则主官为军司马或别部司马；曲的主官为军候；屯的主官为屯长。
而最基层的编制，则是5人为伍，10人为什，主官分别为伍长、什长，这个编制，从秦朝以来，应该没改变过。
吴明要进行的军事改革，首先，在这军队编制方面，势必要稍加改进一些，但也不会完全照搬后世的班、排、连等来改。
因为后世的军队编制未必就适合于这个时期，故吴明综合了汉朝和后世的两种编制，设立了一套自己汉中独有的军队编制：
从下而上，依次为什、队、屯、曲、部、营和军。十人为一什，设正副什长两名；五什为一队，设正副都伯两名；三队为一屯，设正副屯将两名；三屯为一曲，设正副军侯两名；三曲为一部，设正副军司马两名；三部为一营，设正副校尉两名；三营为一军，设主将一名，副将一名，参军若干名。
这样一来，一营大概是5000人，一军15000人。而此时汉中的太平军、玄勇军都只有一个营的编制。
其次，吴明再要改革的就是军官选拔及升迁制度。
其一，军官的第一来源肯定来自于汉中学院。
另外，即使不是汉中学院出来的，但是只要军功足够大，能力足够强，不论出生来历，皆可凭军功晋级。当然即使是汉中学院出来的，想要晋升一样也要凭军功，吴明平时视察营地时，经常强调军功的重要性，想升官发财，那就得努力拼。
最后是，吴明特别要革除的一点，汉中军的将士，尤其是军官，除非世家子弟有能力，通过考核，否则一律不用。
吴明要的是一支铁血、勇敢、纪律严明的军队，不是要养一群公子哥、大少爷。
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